Kinh Môn là thị xã nằm vùng bán sơn địa, được bao bọc xung quanh và chia cắt bởi nhiều con sông lớn thuộc hệ thống sông Thái Bình như: sông Kinh Thầy, sông Đá Vách, sông Kinh Môn bao quanh và các con sông nhỏ như: sông Đò Than, sông Nguyễn Luân... Do đó việc giao thông đi lại với các địa phương trong và ngoài thị xã được kết nối bằng rất nhiều cây cầu lớn như: cầu An Thái (phường Long Xuyên), cầu Đá Vách, Hoàng Thạch (phường Minh Tân), hai cầu mới đưa vào sử dụng là cầu Triều (phường Thất Hùng), cầu Mây (xã Thăng Long) và cầu Dinh (phường Thái Thịnh), một số cây cầu đang được phê duyệt và xây dựng trong thời gian tới như cầu Vạn, cầu Bãi Mạc... và nhiều bến phà, đò ngang như: đò Vải (xã Lê Ninh), đò Trạm (xã Bạch Đằng), đò Nống (phường Hiến Thành)...