Những nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm thường gặp gồm:

- Vi khuẩn Salmonella (vi khuẩn gây bệnh thương hàn) gây ra các triệu chứng buồn nôn, nhức đầu, choáng váng, sốt và tiêu chảy.

- Độc tố tụ cầu Staphylococcus có trong sữa, thịt gia cầm chưa nấu chín gây chóng mặt, buồn nôn, đau đầu, mạch đập nhanh, tiêu chảy.

- Độ tố vi khuẩn Clostridium botulinum trong thịt cá bị ươn, ôi thiu phá hủy hệ thần kinh trung ương và hành tủy, gây tử vong.

- Độc tố vi nấm Aflatoxin trên các loại hạt như lạc, đậu nành, hướng dương, điều, ngô; các loại bột từ những hạt này khi bị nấm mốc.

- Các loại virus viêm gan A (HAV) và Norwalk trong các loại thực phẩm như rau sống, thức ăn chế biến nguội; các loại nhuyễn thể như sò, ốc, hến sống ở vùng nước bẩn.

- Sán lá gan nhỏ trong các món ăn chế biến từ gỏi cá sống, cá nướng, ốc chưa luộc chín.

- Các kim loại nặng như asen, chì, thủy ngân, selenium lẫn trong thực phẩm.

- Tồn dư của thuốc bảo vệ thực vật.

- Các chất phụ gia, chất bảo quản thực phẩm không được phép sử dụng, hoặc dùng quá liều lượng, quá thời hạn,…