Ở triều đình đứng đầu là vua, thời Trần thực hiện chế độ Thái Thượng Hoàng các vua thường nhường ngôi sớm cho con và tự xưng là thái thượng hoàng cùng với vua con quản lý đất nước.Hệ thống quan lại bên dưới vẫn như thời lý nhưng được tổ chức có quy củ và đầy đủ hơn .Nhà Trần đặt thêm một số cơ quan như Quốc sử viện (đảm nhiệm việc viết sự), Thái Y viện (coi việc chữa bệnh trong cung ), tôn nhân phủ (năm sự vụ họ hàng tôn thất) và một số cơ quan như Hà đê sứ, khuyến nông sự ,đồn điền sứ,..Nhà trần khoản quy định cụ thể thời hạn để xem xét việc thưởng phạt quan lại .Các quý tộc họ Trần được phong Vương Hầu ban thái ấp . Quan lại được cấp bổng lộc cả nước được chia thành 12 lộ đứng đầu lộ có các chức nhánh,phó An phủ sứ. Dưới lộ là phủ ,do các chức tri phủ cai quản ; châu ,      huyện do các chức tri châu,chi huyện trong coi.Dưới cùng là xã, do xã quan đứng đầu.