Ngày 30/9/2016, Bộ Tài chính ban hành Công văn 13804/BTC-TCT về việc quản lý hoàn thuế GTGT các tháng cuối năm 2016. Ngoài ra, Công văn 13804/BTC-TCT cũng hướng dẫn các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT đầu vào lũy kế 12 tháng/4 quý liên tục chưa được khấu trừ hết.

Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương

Căn cứ Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc Hội sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế.

Căn cứ Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/11/2012 của Quốc Hội sửa đổi bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế.

Căn cứ Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính Phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế.

Căn cứ Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật

Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế và sửa đổi một số điều tại các Thông tư về thuế.

Căn cứ Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính về áp dụng rủi ro trong nghiệp vụ quản lý thuế

Căn cứ Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Căn cứ các quy định nêu trên, đồng thời, đảm bảo quản lý công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đúng chế độ quy định, điều hành chi hoàn thuế GTGT các tháng cuối năm 2016 theo dự toán đã được Quốc Hội phê duyệt, Bộ Tài chính yêu cầu đồng chí Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quán triệt và thực hiện các công việc sau đây:

1. Quán triệt đầy đủ, kịp thời đến từng doanh nghiệp trên địa bàn thuộc đối tượng quản lý của Cục Thuế, đến từng công chức thuế về những nội dung mới, quan trọng của Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016; Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ; Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016; Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 và Thông tư số 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính, cụ thể:

• Đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu: không thực hiện hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu không thực hiện xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và quy định chi tiết phạm vi địa bàn hoạt động hải quan tại Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 02/01/2015 của Chính phủ; không hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu; không hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa xuất khẩu là sản phẩm tài nguyên, khoáng sản khai thác chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc sản phẩm xuất khẩu là hàng hóa được chế biến từ tài nguyên, khoáng sản có tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản xuất sản phẩm trở lên.
• Đối với dự án đầu tư: không hoàn thuế đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ vốn điều lệ như đã đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không đảm bảo duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động; dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư;
• Đối với trường hợp người nộp thuế có số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế 12 tháng/4 quý liên tục chưa được khấu trừ hết: chỉ thực hiện hoàn thuế đối với các trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết phát sinh trước kỳ tính thuế tháng 7/2016 (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trước kỳ tính thuế quý 3/2016 (đối với trường kê khai theo quý) đủ điều kiện hoàn thuế theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.

2. Đối với hồ sơ hoàn thuế trước kỳ hoàn thuế tháng 7/2016 hoặc quý 3/2016 thuộc các trường hợp đã nêu tại Điểm 1 công văn này; do thay đổi chính sách, rủi ro cao, yêu cầu Cục Thuế thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau đối với tất cả hồ sơ đề nghị hoàn thuế. Yêu cầu Cục Thuế thực hiện cập nhật đầy đủ, kịp thời các hồ sơ, kết quả kiểm tra của Cục Thuế vào Hệ thống quản lý thuế tập trung của ngành thuế (TMS) để Tổng cục Thuế thực hiện tiếp nhận giám sát trước khi Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế.

Định kỳ 10 ngày, Tổng cục Thuế có trách nhiệm báo cáo Bộ kết quả thực hiện kiểm tra hoàn thuế GTGT đối với các đối tượng này.

3. Đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT không thuộc đối tượng quy định ở Điểm 1 công văn này, yêu cầu Cục Thuế phải căn cứ quy định tại Luật số 106/2016/QH13; Luật quản lý thuế số 21 /2012/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành để phân loại hồ sơ thực hiện hoàn thuế trước kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau theo đúng quy định. Cục Thuế phải thực hiện cập nhật đầy đủ hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống TMS để thực hiện việc kiểm tra, đối chiếu giữa các bộ phận trong cơ quan Cục Thuế đối với hồ sơ hoàn thuế; Tổng cục Thuế thực hiện việc giám sát tự động trên hệ thống trước khi Cục Thuế ban hành quyết định hoàn thuế để việc hoàn thuế được đúng quy định, đúng thời gian theo quy định của pháp luật.

Bộ Tài chính yêu cầu đồng chí Cục trưởng Cục Thuế nghiêm túc thực hiện. Trong quá trình thực hiện có vướng mắc, khó khăn, Cục Thuế báo cáo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế để kịp thời xử lý.