Giá trị lớn nhất của Hồ Ba Bể là cảnh quan địa chất độc đáo, giá trị nổi bật về địa chất địa mạo và giá trị to lớn về đa dạng sinh học. Năm 1995, Hồ Ba Bể đã được Hội nghị Hồ nước ngọt thế giới, tổ chức tại Mỹ, công nhận là một trong 20 hồ nước ngọt đặc biệt của thế giới cần được bảo vệ. Cuối năm 2004, Vườn quốc gia Ba Bể được công nhận là Vườn di sản ASEAN. Ngày 27/9/2012, Thủ tướng Chính phủ đã ký "Quyết định số 1419/QĐ-TTG" xếp hạng Danh lam thắng cảnh Hồ Ba Bể là Di tích quốc gia đặc biệt .