Trong quần thể các công trình kiến trúc của Thiền viện có rất nhiều nét đặc sắc, gắn kết được sự tôn nghiêm, đậm bản sắc văn hóa Phật giáo Việt Nam, hòa quyện với hồn thiêng của sông núi nơi đây.

Điểm nhấn đầu tiên phải kể đến ngoài con đường đi bên sườn núi, từ chân Thiền viện lên cổng Tam Quan là con đường để du khách thả bộ hơn 300 bậc đá rộng thênh thang. Cổng Tam Quan đón du khách với hàng chữ “Thiền viện Trúc lâm Phượng Hoàng”. Đáng chú ý hơn là Chính điện - hạng mục chính của quần thể kiến trúc được thiết kế xây dựng cao và rộng, phù hợp với lối kiến trúc truyền thống văn hóa Phật giáo Việt Nam. Diện tích tổng thể khuôn viên chính điện (bao gồm cả tầng 1 và tầng 2) là 3.000m2. 

Phía trước là lầu chuông và lầu trống, sắp đặt cạnh cổng tam quan tạo thế cân xứng, hài hòa. Bên trong Chính điện được trang trí hệ thống tranh vẽ tường mang tới khoảng không gian rộng, đậm chất nghệ thuật và đầy màu sắc kể về lịch sử cuộc đời hoạt động của đức Phật Thích ca từ khi Ngài mới sinh ra đến hết cuộc đời. Cùng với đó là hệ thống các tượng điêu khắc về Bổn sư Thích ca mâu ni, ngài Phổ Hiền và ngài Văn Thù sư Lợi, Tổ sư Đạt Ma và tượng Tam Tổ Trúc lâm thời nhà Trần là Giác Hoàng Điều Ngự Trần Nhân Tông, Trúc Lâm Đệ Nhị Tổ Đồng Kiên Cương Pháp Loa và Trúc lâm Đệ Tam Tổ Huyền Quang Lý Đạo Tái.

Không gian Thiền viện luôn an lành, hoan hỷ, hiện tiền, chan hòa trong cảnh vật, sơn thủy hữu tình, muôn hồng ngàn tía của các loài hoa, ríu ran tiếng chim rừng hòa cùng tiếng chuông ngân vang vào tâm tưởng của mỗi người.

Thiền viện Trúc Lâm Phượng Hoàng là một công trình văn hóa kiến trúc nghệ thuật nhằm bảo tồn, tôn vinh và phát huy giá trị phi vật thể của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử, góp phần phát triển kinh tế - xã hội, phát huy tiềm năng “du lịch văn hóa tâm linh” ở khu vực núi Nham Biền; gắn kết với hệ thống đình chùa, các di tích lịch sử, và danh lam thắng cảnh trên địa bàn huyện Yên Dũng; nối kết với di tích Tây Yên Tử. Thiền viện Trúc lâm Phượng Hoàng còn là nơi lưu giữ thư tịch, văn hóa phẩm Phật giáo Việt Nam, để cho những ai muốn nghiên cứu, học tập, thực hành theo Thiền phái Trúc Lâm.