+ Khu vực đồi núi: chiếm khoảng 4/5 diện tích, phần lớn là núi trẻ, độ cao trung bình từ 1500 - 2000 m; có nhiều núi lửa, chiếm khoảng 10% núi lửa đang hoạt động trên thế giới. Đất đai chủ yếu là đất: pốt dôn, đất nâu...

+ Đồng bằng nhỏ hẹp và phân bố ven biển.

- Khí hậu: Nhật Bản nằm trong đới khí hậu ôn đới, mang tính chất gió mùa; phần lớn lãnh thổ có lượng mưa trên 1000 mm/năm. Khí hậu Nhật Bản phân hóa rõ rệt:

+ Theo chiều bắc - nam: Phía bắc có khí hậu ôn đới, mùa đông kéo dài, lạnh, thường xảy ra bão tuyết. Phía nam có khí hậu cận nhiệt, mùa đông ít lạnh, mùa hạ nóng, thường có mưa to và bão.

+ Theo chiều đông - tây: sự phân hóa thể hiện rõ ở đảo Hôn-su, phía đông đảo ấm, mưa nhiều vào mùa hạ, lạnh và khô ráo vào mùa đông; phía tây đảo có mùa đông lạnh hơn, nhiều tuyết.

+ Ở những khu vực địa hình núi cao, khí hậu có sự phân hóa theo độ cao.

- Sông, hồ