Tính đa dạng và đặc thù của protein đượcc xác định bằng 2 yếu tố chính:

- Thành phần và số lượng axit amin: Mỗi loại protein có thành phần và số lượng axit amin khác nhau. Có 20 loại axit amin, mỗi loại axit amin có cấu tạo hóa học và tính chất vật lý khác nhau. Sự kết hợp khác nhau giữa 20 loại axit amin tạo nên vô số các loại protein khác nhau về thành phần, số lượng axit amin.

- Trình tự sắp xếp các axit amin: Trình tự sắp xếp các axit amin trong phân tử protein cũng có thể khác nhau. Trình tự sắp xếp các axit amin quyết định cấu trúc không gian của protein, từ đó quyết định tính chất và chức năng của protein.