Nội dung cơ bản của Hiệp ước Nhâm Tuất bao gồm 12 điều khoản, trong đó có các điều khoản chính như:

- Về lãnh thổ: triều đình nhượng hẳn cho Pháp ba tỉnh miền Đông Nam Kì (Gia Định, Định Tường, Biên Hòa) và đảo Côn Lôn. Pháp trả lại Vĩnh Long khi nào triều đình buộc nhân dân ngừng kháng chiến.

- Về thông thương: mở 3 cửa biển Đà Nẵng, Ba Lạt, Quảng Yên cho Pháp vào tự do buôn bán. 

- Về chiến phí: bồi thường cho Pháp 20 triệu quan (ước tính bằng 280 vạn lạng bạc).

- Về truyền giáo: cho phép người Pháp và Tây Ban Nha tự do truyền đạo Gia Tô và bãi bỏ lệnh cấm đạo.

Lí do nhà Nguyễn kí hiệp ước này vì :

1 .Do yếu hèn,bạc nhược,dùng kế sách thủ để hòa
2 .Vì Vĩnh Long(1 trong 3 tỉnh miền ĐÔNG NAM KÌ bị Pháp thuộc)là quê ngoại vua Tự Đức
3 .Ở Bắc Kì có nhiều cuộc kháng chiến ví dụ: tạ văn phụng,cai tổng vàng,nông hùng thạc...,do đó nhà  Nguyễn muốn kí hiệp ước để hòa hoãn với Pháp ,dồn sức tấn công các cuộc khởi nghĩa.

- Thừa nhận quyền cai quản của Pháp ở ba tỉnh miền Đông Nam Kì và đảo Côn Lôn.

- Mở ba cửa biển: Đà Nẵng, Ba Lạt, Quảng Yên

- Cho phép Pháp và Tây Ba Nha tự do truyền đạo 

- Nhà Nguyễn phải bồi thường chiến phí ( 280 vạn lạng bạc)

- Pháp trả lại Vĩnh Long khi triều đình chấm dứt được các hoạt động chống Pháp ở ba tỉnh miền Đông.

* Triều đình Huế quá đề cao và sợ thực dân pháp. Không tin vào sức mạnh của nhân dân và cho rằng khó có thể thắng quân Pháp

- Triều đình Huế muốn hoà với Pháp để bảo vệ quyền lợi của dòng họ và giai cấp

- Ảo tưởng dựa vào con đường thương thuyết để giành lại những vùng đất đã mất