-  Từ năm 1885-1888: nghĩa quân lo tổ chức, huấn luyện, xây dựng công sự, rèn đúc vũ khí và tích trữ lương thảo.
- Từ năm 1888 đến 1895: là thời kì chiến đấu của nghĩa quân . Dựa vào vùng rừng núi hiểm trở, có sự chỉ huy thống nhất, nghĩa quân đã đẩy lui nhiều cuộc hành quân và càn quét của giặc.
+ Để đối phó Pháp tập trung binh lực và xây dựng 1 hệ thống đồn, bốt nhằm bao vây , cô lập nghĩa quân. Đồng thời chúng mở nhiều cuộc tấ công quy mô vào Ngàn Trươi.
+ Nghĩa quân phải chiến đấu trong điều kiện ngày càng gian khổ hơn, lực lượng suy yếu dần.
+ Sau khi chủ tướng Phan Đình Phùng hi sinh, cuộc khởi nghĩa được duy trì thêm một thời gian dài rồi tan rã.

Địa bàn hoạt động của nghĩa quân bao gồm bốn tỉnh: Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình; với địa bàn chính là Hương Khê (Hà Tĩnh), tồn tại suốt 10 năm liên tục.

Ở bốn tỉnh này, Phan Đình Phùng đã chia địa bàn thành 15 quân thứ, đồng thời dựa vào địa thế rừng núi hiểm yếu, ông cho xây dựng lực lượng và cơ sở chiến đấu chính nằm ở hai huyện Hương Sơn và Hương Khê (Hà Tĩnh). Theo sử liệu^[3] thì Phan Đình Phùng đã cho xây dựng bốn căn cứ lớn, đó là:

• Căn cứ Cồn Chùa ở xã Sơn Lâm (Hương Sơn, Hà Tĩnh), án ngữ đường sang Nghệ An. Đây là nơi dự trữ lương thực và rèn đúc vũ khí.
• Căn cứ Thượng Bồng-Hạ Bồng ở tây nam Đức Thọ (Hà Tĩnh) dựa vào địa thế của sông Ngàn Sâu và Ngàn Trươi. Ngoài ra, Phan Đình Phùng còn cho lập nơi đây hệ thống hào lũy, đồn trại, kho lương, bãi tập,...Đây là một căn cứ lớn trong buổi đầu kháng chiến của nghĩa quân Hương Khê.
• Căn cứ Trùng Khê-Trí Khê nằm ở hai xã Hương Ninh - Hương Thọ thuộc huyện Hương Khê. Đây là căn cứ dự bị, có đường sang Lào, phòng khi bị quân Pháp bao vây.
• Căn cứ Vụ Quang ở phía tây Hương Khê. Nơi đây có địa hình hiểm trở, tựa lưng vào dãy Trường Sơn. Từ đây, nghĩa quân có thể theo đường núi vào Quảng Bình, Quảng Trị, ra Nghệ An, Thanh Hóa hay theo đường sông đi xuống các vùng đồng bằng hoặc khi cần thiết có thể lánh sang Lào.

ok chucs bn chong crn tt