- Nhà Nguyễn đã xây dựng bộ máy quân chủ chuyên chế thống nhất,xây dựng thành trì ở kinh đô Phú Xuân.Vua trực tiếp điều hành mọi công việc hệ trọng ở  trung ương đến địa phương.

 - Ban hành bộ Hoàng triều luật lệ (Luật Gia Long).

 - Chia nước thành 30 tỉnh và một phủ trực thuộc(Thừa Thiên).

 - Củng cố quân đội gồm nhiều binh chủng.

GS Lê nhấn mạnh: “Một trong những công lao rất lớn của chúa Nguyễn và nhà Nguyễn là mở mang bờ cõi, thống nhất đất nước, khai phá đồng bằng sông Cửu Long. Năm 1757 chúa Nguyễn đã định hình được lãnh thổ VN mà về cơ bản gần giống như lãnh thổ VN hiện nay từ phía Bắc vào Cà Mau, từ Tây nguyên ra biển, bao gồm cả vùng biển, các đảo ven bờ và hai quần đảo Hoàng Sa - Trường Sa. Nhà Nguyễn có công rất lớn trong việc hình thành và định hình một nhà nước thống nhất và xác lập lãnh thổ - không gian sinh tồn của nước VN. Công lao nhà Nguyễn về phương diện này không thể chối cãi. Đã đến lúc cần nhìn rõ công, tội của nhà Nguyễn”.

Tuy nhiên, GS Lê cũng nhắc lại hai tội lớn của nhà Nguyễn là để mất nước vào tay quân Pháp và quá bảo thủ, từ chối tất cả các đề nghị canh tân đất nước của nhiều nhà trí thức tiến bộ.

“Nhìn nhận về lịch sử phải hết sức khách quan và cái gì khách quan của lịch sử mới tồn tại lâu dài được. Còn cái gì mà trong một tình thế thời sự nào đó ta phải tôn vinh hoặc hạ thấp thì nó chỉ tồn tại trong một điều kiện nhất định nào đó. Sử học đành rằng phải làm tròn trách nhiệm công dân nhưng sứ mạng cao cả nhất của sử học là làm thế nào để tạo nên được những trang sử bằng cứ liệu lịch sử khách quan, trung thực”.