Quân thành kéo vào Thăng Long xâm lược nước ta, Ngô Văn Sở lui về Tam Hiệp ở Thanh Hóa phòng thủ rồi cho người vào Nam cấp báo. Nguyễn Huệ lên ngôi hoàng đế lấy hiệu là Quang Trung. Ngày 25 tháng Chạp năm 1788 tiến quân ra Bắc. Đến Nghệ An nhà vua mời Nguyễn Thiếp tư vấn tình hình chiến sự, ra lệnh tuyển thêm quân rồi truyền hịch lệnh cho tướng sĩ. Ngày 30 tháng Chạp, đến Tam Hiệp, nhà vua khao quân ăn tết trước, hẹn mùng 7 tháng Giêng vào Thăng Long mở tiệc ăn mừng. Mùng 3 tháng Giêng vua Quang Trung hạ đồn Hà Hồi. Mùng 5 tháng Giêng hạ đồn Ngọc Hồi. Thái Thú Điền Châu là Sầm Nghi Đống thắt cổ tự vẫn. Quân thanh đại bại. Trưa mồng 5 tháng Giêng quân Tây Sơn tiến vào Thăng Long. Tôn sĩ nghị và bọn vua quan nhà Lê tháo chạy nhục nhã.

Tóm tắt văn bản Hoàng Lê nhất thống chí.

Nhận tin nước đang bị bao vây bởi quân Thanh, Nguyễn Huệ vô cùng tức tối, đồng ý lên ngôi vua và lấy hiệu là Quang Trung. Ông lập tức kéo quân Tây Sơn vào Nghệ An, kiểm tra động lực và tuyển nhân dân vào quân đội của mình. Ra Bắc, nhờ vào trí thông minh, ông cùng đồng đội đã chiến thắng đi về khi trong tay có đồn Hà Hôi. Một lúc sau, nghĩa quân ra thành kéo nhau vào đồn, đánh chiếm trong sự im lặng. Bấy giờ, Tôn Sĩ Nghị sợ mất mặt, liền ba chân bốn cẳng chạy bỏ trốn . Ông ta trong bộ dạng thôi thảm cực độ. Quân đội lần lượt đuổi theo đến phao gãy cầu nghiêng qua sông Nhị Hà. Và mạng đã lìa đời, đó là kết cục cho sự tàn ác của họ.