- Có thể dùng phép lai phân tích để xác định hai cặp gen Aa, Bb nằm trên hai nhiễm sắc thể khác nhau hay nằm trên cùng một nhiễm sắc thể

- Cho cá thể F1 tiến hành lai phân tích, ta sẽ thu được hai kết quả:

* Trường hợp 1:

· Ở đời Fa phân li kiểu hình theo tỉ lệ 1 : 1 : 1 : 1 `→` Các gen quy định tính trạng nằm trên hai nhiễm sắc thể khác nhau

* Trường hợp 2:

· Ở đời Fa phân li kiểu hình theo tỉ lệ 1 : 1 `→` Các gen quy định tính trạng nằm trên cùng một nhiễm sắc thể

Muốn xác định kiểu gen F1 (nằm cùng hay khác NST), có thể cho F1 giao phối gần (F1 lai với nhau):

* Nếu tỉ lệ phân li ở F2 xấp xỉ hoặc bằng tỉ lệ $9:3:3:1$ thì tuân theo quy luật phân độc lập của Menđen, các cặp gen nằm trên các NST khác nhau.

* Nếu F2 có 4 tổ hợp kiểu hình hoặc ít hơn, và có tỉ lệ phân li kiểu hình khác với quy luật phân li độc lập($9:3:3:1$) thì các gen nằm trên cùng 1 NST