Có thể sử dụng phép lai phân tích để kiểm tra kiểu gen có thuần chủng hay không. Phép lai phân tích là phép lai giữa cá thể mang tính trạng trội cần xác định kiểu gen với cá thể mang tính trạng lặn. Nếu kết quả của phép lai là đồng tính thì cá thể mang tính trạng trội có kiểu gen đồng hợp, còn kết quả phép lai là phân tính thì cá thể đó có kiểu gen dị hợp

Ví dụ như sau:

Cây thân cao hoa trắng A_bb cần xác định kiểu gen

+ Nếu A_bb là thuần chủng, tức là AAbb thì lai phân tích tạo đời con đồng nhất:

P: AAbb × aabb

Gp: Ab        ab

F1: 100%Aabb (100% thân cao, hoa trắng)

+ Nếu A_bb là không thuần chủng, tức là Aabb thì lai phân tích tạo đời con phân tính:

P:        Aabb   ×   aabb

Gp: 1Ab : 1ab        ab

F1: Aabb : 1aabb (1 thân cao, hoa trắng : 1 thân thấp hoa trắng)

Có thẻ sử dụng phép lại phân tích để kiểm tra KG của 1 cơ thể thần chủng hay không thuần chủng 

- Nếu kết quả phép lai cho 2 KG thì cơ thể đem lại phân tích có KG dị hợp.

- Nếu kết quả phép lai cho 1 KG thì cơ thể đem lại phân tích có KG đồng hợp.

SĐL1: (cơ thể mang KG đồng hợp)

P      AA  x   aa

Gp    A          a

F            Aa

SĐL2: (cơ thể mang KG dị hợp)

P       Aa   x    aa

Gp     A;a         a

F        Aa  :   aa