Trần Nhân Tông là vị vua thứ 3 của vương triều Trần, một vị vua anh minh, lỗi lạc. Trong 14 năm làm vua (1279-1293), với vai trò là người đứng đầu đất nước, Trần Nhân Tông đã ban hành nhiều quốc sách trị nước, an dân, cùng Thượng hoàng Trần Thánh Tông lãnh đạo quân dân Đại Việt đánh tan đội quân xâm lược Nguyên - Mông hùng mạnh.

            Khi đất nước trở lại thanh bình, Đức vua Trần Nhân Tông đã giác ngộ giáo lý nhà Phật và được Tuệ Trung thượng sỹ Trần Tung truyền tâm ấn. Từ đấy, ông tôn Tuệ Trung thượng sỹ là thầy và dốc lòng quy Phật.

            Năm 1293, vua Trần Nhân Tông nhường ngôi cho Thái tử Thuyên (Trần Anh Tông), lên làm Thái thượng hoàng, về ngự ở cung Trùng Quang, phủ Thiên Trường. Tháng 8 năm Kỷ Hợi (1299), vua Trần Nhân Tông từ phủ Thiên Trường xuất gia lên núi Yên Tử (Đông Triều, Quảng Ninh) chuyên tâm tu Phật, sáng lập Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử. Phái Thiền Trúc Lâm ra đời và phát triển rất mạnh ở vùng Đông Bắc Đại Việt với trung tâm là Khu di tích Yên Tử.

Di tích chùa Phổ Minh còn gọi là chùa Tháp, tọa lạc về phía Tây, cách di tích Đền Trần khoảng 300m. Theo thuyết phong thuỷ, chùa Phổ Minh có thế đất “Rồng nằm” là nơi có thể phát phúc vô tận. Sử cũ và truyền thuyết tại địa phương cho biết, ngôi chùa nguyên được xây dựng từ thời Lý và được mở rộng dưới thời Trần, có mối liên hệ mật thiết tới Đức vua - Phật hoàng Trần Nhân Tông. Tấm bia Phổ Minh thiền tự bi soạn vào niên hiệu Cảnh Trị 6 (1668) dựng ở phía Tây chùa có đoạn chép (dịch) như sau: “Nhà Lý xây dựng chùa, họ Trần điểm tô. Nhớ xưa đền - đài nguy nga, đỉnh đồng nghìn quân trấn giữ, quy mô lẫy lừng, tháp Phật trăm thước dựng lên”.

Sách Hoàng Việt địa dư nhất thống chí chép: “Phía Tây miếu Cố Trạch có ngôi chùa Phổ Minh, chùa này xây dựng từ triều Lý, đến triều Trần lại trùng tu, là một danh thắng của địa phương… Vạc chùa Phổ Minh nặng ngàn cân để làm di tích… Trước cửa chùa có ngọn tháp có thể cao 100 thước. Trước đây vua Trần Nhân Tông xuất gia tu đạo Phật, sau siêu hoá mới tạo nên phù đồ này để dấu nắm xương xá lỵ”.

            Sách Tam tổ thực lục cho biết, ngoài Yên Tử là nơi tu hành của Trần Nhân Tông, còn có 3 giới đàn do Phật - Hoàng lập ra ở chùa Chân Giáo (Hà Nội), chùa Báo Ân (Bắc Ninh) và chùa Phổ Minh (Nam Định). Như vậy, đương thời chùa Phổ Minh là một trung tâm truyền đạo của giáo phái Trúc Lâm. Sách Đại Việt sử ký toàn thư chép: “Quý Mão (1303). Mùa xuân, tháng Giêng, Thượng hoàng (Trần Nhân Tông) ở Phủ Thiên Trường, mở hội vô lượng pháp ở chùa Phổ Minh, bố thí vàng bạc, tiền lụa để chẩn cấp dân nghèo trong nước và giảng kinh giới thí”.

            Sách Tam thổ thực lục còn cho biết thêm, vua Trần Nhân Tông đã mời các tăng nhân có danh vọng đến chùa Phổ Minh để mở trường dạy học. Ông còn viết nhiều sách về Phật học như: Tăng già toái sự, Thạch thất mị ngữ, Thiền lâm thiết chuỷ ngữ lục…