Ngày 30 tháng 6 năm 1925, ông lại bị Pháp bắt tại Hàng Châu, ông bị dẫn giải về Hà Nội và xử án chung thân khổ sai, về sau, bản án được đổi lại thành án quản thúc tại gia do phản ứng mạnh mẽ của toàn dân đối với nhà cầm quyền Pháp.

Từ năm 1926, ông bị đưa về sống ở Bến Ngự, Huế, cho đến khi mất vào năm 1940. Lúc đó ông được gọi là Ông già Bến Ngự. Trong thời gian này, tư tưởng chống Pháp của Phan Bội Châu đã ôn hòa hơn. Vào tháng 3 năm 1927, trong dịp kỉ niệm ngày giỗ một năm của Phan Chu Trinh, Phan Bội Châu đã viết:

Phan Bội Châu mất ngày 29 tháng 12 năm 1940 tại Huế.