Để một quyết toán NSNN đạt yêu cầu, giải quyết được các vấn đề đặt ra phải tuân thủ các nguyên tắc sau:

- Theo nguyên tắc đầy đủ, tất cả các nghiệp vụ thu, chi đều phải hạch toán và quyết toán với NSNN. Ngoài các khoản thu chi cân đối ngân sách còn phải báo cáo kèm theo các khoản có liên quan chặt chẽ với NSNN như các quỹ: Dự trữ tài chính, bảo hiểm xã hội, hỗ trợ phát triển, hỗ trợ xuất khẩu... Ngoài ra, còn phải báo cáo kèm các khoản thuế miễn giảm, các khoản thu để lại chi... Đa số các nước quy định nội dung của quyết toán NSNN, các tài liệu báo cáo kèm quyết toán NSNN.

- Việc quyết toán NSNN phải đảm bảo thống nhất từ cơ sở đến cơ quan quản lý tài chính ngân sách. Thể hiện từ khâu hạch toán kế toán cho đến khi tổng hợp quyết toán, kiểm toán quyết toán NSNN. Thực hiện nguyên tắc này đòi hỏi trước hết sự thống nhất trong việc tổ chức hệ thống thông tin về ngân sách. Thông tin kế toán phải thống nhất từ kế toán đơn vị sử dụng ngân sách cho đến hệ thống quản lý quỹ ngân sách, kế toán của các cấp ngân sách. Ngoài ra, sự thống nhất thể hiện trong việc tổ chức quyết toán NSNN từ khâu hạch toán kế toán đến khâu lập quyết toán của đơn vị cơ sở, xét duyệt, thẩm định quyết toán, kiểm toán quyết toán, thẩm tra, phê chuẩn quyết toán NSNN.

- Các khoản thu chi, phải đảm bảo cân đối: Trường hợp bội chi phải có nguồn bù đắp và tuân thủ các điều kiện vay, trả theo quy định. Đây là nguyên tắc luôn luôn phải quan tâm, không chỉ ở khâu quyết toán NSNN mà còn phải quán triệt trong suốt chu trình NSNN. Cụ thể là, ngay từ khâu lập dự toán NSNN phải đảm bảo sự cân đối giữa thu và chi; trong quá trình chấp hành ngân sách cũng thường xuyên phải chú ý tới việc thiết lập lại quan hệ cân đối thu, chi bằng các biện pháp hữu hiệu; quá trình quyết toán NSNN cũng phải chỉ rõ được các yếu tố đã giúp cho thu, chi NSNN cân đối được trong thời gian qua và những kinh nghiệm đã tích luỹ được trong điều hành cân đối NSNN.

Cân đối quyết toán NSNN còn thể hiện ở cân đối tổng thể trong nền kinh tế, đảm bảo các khoản thu huy động vào NSNN đủ để đáp ứng các khoản chi tiêu. Qua quyết toán NSNN có thể đánh giá tình trạng lạm thu hoặc tình trạng mất cân đối với các khoản chi. Quán triệt nguyên tắc cân đối khi quyết toán NSNN còn phải chú ý đến mức huy động GDP vào NSNN. Trường hợp tỷ lệ huy động quá cao sẽ dẫn đến hạn chế đầu tư, giảm mức tiết kiệm của khu vực doanh nghiệp và khu vực tư nhân. Và điều này lại ảnh hưởng đến sự tăng trưởng của nền kinh tế. Ngoài ra sự cân đối quyết toán còn thể hiện được sự cân đối trong cơ cấu thu, chi; phản ánh mức huy động của từng khoản thu và mức chi của từng lĩnh vực. Trường hợp có sự mất cân đối giữa thu, chi, giữa các lĩnh vực đòi hỏi phải xác định được nguyên nhân.

Bản chất của NSNN là hệ thống các quan hệ kinh tế giữa Nhà nước với các tổ chức, cá nhân. Nguồn thu của NSNN được hình thành chủ yếu từ việc thực hiện nghĩa vụ thu nộp của các tổ chức, cá nhân theo luật định. Chi của NSNN lại chủ yếu phục vụ cho việc cung cấp hàng hóa công cộng và thực hiện chức năng kinh tế của Nhà nước. NSNN có tác động và chi phối mạnh mẽ đến các mặt hoạt động xã hội thậm chí đến từng gia đình thông qua việc nhận lương của công chức nhà nước, phúc lợi công cộng và các khoản an sinh xã hội. Chính vì vậy, khi quyết toán phải đảm bảo tính minh bạch để có sự tham gia kiểm soát đối với hoạt động ngân sách.

Để thực hiện quyết toán NSNN theo số thực thu, thực chi thì một nguyên tắc đặt ra là quyết toán NSNN phải được lập và tổng hợp từ cơ sở. Bộ Tài chính có trách nhiệm tổng hợp quyết toán ngân sách của chính quyền Trung ương và địa phương để hình thành NSNN. Nguyên tắc hạn định được hiểu là chỉ đưa vào quyết toán NSNN các khoản thực thu, thực chi.