Giống nhau : phủ định biện chứng và phủ định siêu hình đều xóa bỏ , phủ nhận sự tồn tại cua một sự vật hiện tượng nào đó . 
Khác nhau : 
* Phủ định siêu hình : cản trở xóa bỏ sạch trơn , tận gốc sự tồn tại của sự vật hiện tượng 
VD : sử dụng thuốc trừ sâu để diệt sâu bệnh . 
* Phủ định biện chứng : cũng là phủ nhận sự tồn tại của dự vật hiện tượng nhưng không xóa bỏ , phủ , nhận sạch trơn . Phủ định biện chứng chỉ xóa bỏ nhưng cái lạc hậu tiêu cực lỗ thời , có những kế thừa nhưng yếu tố tích cực để cho sự vật hiện tượng phát triển không ngừng . 
VD : trong phong tục cưới hỏi của dân tộc thời xưa , có những cái tiêu cực là cướp dâu , cưỡng hôn . Nhưng thời đại bây giờ đã xóa bỏ nhưng tập tuc lạc hậu đó nhưng vân giữ nguyên và kế thừa nhưng truyền thống tốt đẹp như : hỏi xin cưới , lễ vật băng rượu trầu cánh phượng v.v.... 

- Phủ định siêu hình là sự phủ định diễn ra do sự can thiệp, sự tác động từ bên ngoài làm cản trở hoặc xóa bỏ sự tồn tại, phát triển của sự vật và hiện tượng.

Ví dụ: động đất làm đổ nhà; chặt phá cây cối; ...

- Phủ định biện chứng là sự phủ định diễn ra do sự phát triển của bản thân sự vật và hiện tượng. Có kế thừa những yếu tố tích cực của sự vật và hiện tượng mới.

Ví dụ: dân tộc ta có rất nhiều truyền thống quý báu nhờ trải qua quá trình loại bỏ những yếu tố xấu như những hủ tục lạc hậu, cướp dâu,...