Công nghệ vi sinh là một bộ phận quan trọng trong công nghệ sinh học, là một môn khoa học nghiên cứu về những hoạt động sống của vi sinh vật, nhằm khai thác chúng tốt nhất vào quy trình sản xuất ở quy mô công nghiệp.

 Ví dụ ứng dụng công nghệ vi sinh trong các lĩnh vực công nghiệp, nông nghiệp, y tế và đời sống:

• Tin sinh học là một lĩnh vực đa ngành trong đó giải quyết vấn đề sinh học bằng cách sử dụng các kỹ thuật tính toán, và làm cho tổ chức nhanh chóng và phân tích dữ liệu sinh học có thể. Lĩnh vực này cũng có thể được gọi là sinh học tính toán, và có thể được định nghĩa là" khái niệm sinh học về các phân tử và sau đó áp dụng các thông tin kỹ thuật để hiểu và tổ chức thông tin liên kết với các phân tử này, trên quy mô lớn.Tin sinh học đóng một vai trò quan trọng trong các lĩnh vực khác nhau, chẳng hạn như chức năng gen, cấu trúc gen, proteomics, và tạo thành một thành phần quan trọng trong lĩnh vực công nghệ sinh học và dược phẩm.
• Công nghệ sinh học lam là một thuật ngữ đã được sử dụng để mô tả các ứng dụng hàng hải và thủy sản của công nghệ sinh học, nhưng ứng dụng của nó là tương đối hiếm.
• Công nghệ sinh học xanh được áp dụng công nghệ sinh học nông nghiệp. Một ví dụ là việc lựa chọn và thuần hóa thực vật thông qua vi nhân giống. Một ví dụ khác là thiết kế chuyển gene thực vật để phát triển trong môi trường cụ thể trong sự hiện diện (hoặc không) của các hóa chất. Một hy vọng là công nghệ sinh học xanh có thể sản xuất các giải pháp thân thiện với môi trường hơn so với truyền thống công nghiệp nông nghiệp. Một ví dụ của việc này là kỹ thuật chuyển gen kháng sâu bệnh vào thực vật, do đó không cần phải sử dụng chất bảo vệ thực vất quá nhiều như hiện nay. Một ví dụ này sẽ là bắp chuyển gene.
• Công nghệ sinh học đỏ được áp dụng trong lĩnh vực y dược. Một số ví dụ thiết kế của các sinh vật để sản xuất kháng sinh, và các kỹ thuật chữa các căn bệnh di truyền qua kỹ thuật di truyền.
• Công nghệ sinh học trắng, còn được gọi là công nghệ sinh học công nghiệp, công nghệ sinh học áp dụng trong công nghiệp. Một ví dụ là nuôi cấy vi sinh vật để sản xuất một hóa chất hữu ích. Dùng enzyme như một chất xúc tác trong công nghiệp để sản xuất hóa chất có gây ô nhiễm môi trường. Công nghệ sinh học trắng có xu hướng tiêu thụ ít tài nguyên hơn so với các quy trình truyền thống được sử dụng để sản xuất hàng công nghiệp.