Để được bình yên làm ăn buôn bán, với kinh nghiệm của mình, người Nhật khi qua định cư tại Hội An đã cố tìm thầy phong thủy giỏi để xem thế đất, cắm điểm xây dựng một chiếc cầu tại đây hình dáng như là một thanh kiếm đâm xuống ngay sống lưng con Namazu, khiến nó không thể quẫy đuôi gây ra động đất nữa.

Ngoài ra, người Nhật cũng tin rằng thần linh hầu (khỉ) và linh khuyển (chó) có khả năng trấn áp con thủy quái đó. Bởi thế, để khống chế con Mamazu, người Nhật đã thờ các Thần Khỉ và các Thần Chó trên hai đầu cầu để chế ngự con thuỷ quái đó. Điểm yểm chính thức là một bia đá cách cầu theo đường chim bay khoảng 1km về hướng tây-bắc. Bia đá nằm khuất sau cây đa trên đường Phan Châu Trinh cách nhà thờ Tin Lành 300 mét.

Trải qua thời gian, khi người Nhật dần vắng bóng ở Hội An, người Trung Hoa lập làng Minh Hương đã nhiều lần góp công trùng tu, sữa chữa công trình kiến trúc cổ này. Chùa được trùng tu vào các năm 1817, 1865, 1915, 1986. Tuy có được thêm vào một vài họa tiết, linh vật thờ cúng theo tín ngưỡng của người trung Hoa nhưng về cơ bản, Chùa Cầu không có nhiều thay đổi.

Nhìn từ xa, Chùa Cầu Nằm vắt mình qua một nhánh nhỏ của dòng Thu Bồn quanh năm ôm ấp thành phố, nổi bật với đường cong của mái che mềm mại, uyển chuyển, tựa như cầu vồng, làm bừng sáng một góc phố cổ, cổ kính mà lại hiện đại, trầm mặc mà lại rất nhộn nhịp, đa màu sắc từ văn hóa cho tới kiến trúc và tôn giáo. Xung quanh Chùa Cầu được bao bọc bởi khu phố cổ nghìn năm lịch sử, phảng phất đâu đó nơi góc phố hàng cây chút buồn miên man nhưng vẫn chan chứa niềm tin và hi vọng về tương lai tươi sáng rực rỡ của người dân nơi đây, những con người không ngừng ước mơ và lạc quan về cuộc sống.

Lặng lẽ, cổ kính, trầm mặc giữa phồn hoa của phố Hội hiện đại, Chùa Cầu ẩn chứa trong mình chiều sâu triết lý. Nơi ấy biết bao lần đã chứng kiến sự đổi thay của lịch sử theo bao thăng trầm thời gian và hơn hết cả là ghi dấu sự giao thoa của những nền văn hóa độc đáo, tất cả đã khoác lên phố Hội nét đẹp hiếm có của ngày hôm nay.