1. Nhiệt độ.

Dựa vào nhiệt độ có thể chia VSV ra:

Có 4 nhóm VSV:
+ VSV ưa lạnh: Sống ở Nam cực(t0 <150C).
+VSV ưa ấm: Sống ở đất nước, kí sinh(t0: 20 - 400C)
+ VSV ưa nhiệt: Nấm, tảo, vi khuẩn(55 – 650C)
+ VSV ưa siêu nhiệt: Vi khuẩn đặc biệt(75 – 1000C)

2. Độ ẩm.

Hàm lượng nước trong môi trường quyết định độ ẩm mà nước là dung môi của các chất khoáng dinh dưỡng là yếu tố hóa học tham gia vào các quá trình thủy phân các chất.

Nhìn chung vi khuẩn đòi hỏi độ ẩm cao, nấm men đòi hỏi ít nước hơn, còn nấm sợi có thể sống trong điều kiện độ ẩm thấp.

Do đó, nước có thể được dùng để khống chế sự sinh trưởng của từng nhóm vi sinh vật.

Mỗi loại vi sinh vật sinh trưởng trong một giới hạn độ ẩm nhất định.

3. pH

Độ pH ảnh hưởng đến tính thấm qua màng, hoạt động chuyển hóa vật chất trong tế bào, hoạt tính enzim, sự hình thành ATP...

Dựa vào độ pH của môi trường, người ta có thể chia vi sinh vật thành ba nhóm chính : vi sinh vật ưa axit, vi sinh vật ưa kiềm, vi sinh vật ưa pH trung tính

4. Ánh sáng 

Ánh sáng thường có tác động đến sự hình thành bào tử sinh sản, tổng hợp sắc tố, chuyển động hướng sáng ...Bức xạ ánh sáng có thể tiêu diệt hoặc ức chế vi sinh vật. Ví dụ : tia tử ngoại (độ dài sóng 250 - 260 nm) thường làm biến tính các axit nuclêic ; các tia Rơnghen, tia Gamma và tia vũ trụ (độ dài sóng dưới 100 nm) làm ion hóa các prôtêin và axit nuclêic dẫn đến đột biến hay gây chết.

5. Áp suất thẩm thấu.

Sự chênh lệch nồng độ của một chất giữa 2 bên màng sinh chất gây nên một áp suất thẩm thấu.

Vì vậy, khi đưa vi sinh vật vào môi trường nhiều đường, muối, tức là môi trường ưu trương thì nước trong tế bào vi sinh vật bị rút ra ngoài, gây co nguyên sinh, do đó chúng không phân chia được.