Câu chuyện này được kể lại dựa trên Kho tàng truyện cổ tích Việt Nam của nhà nghiên cứu văn hóa dân gian Việt Nam Nguyễn Đổng Chi. Nội dung của truyện như sau

Ngày xưa, vào hồi Tây Sơn khỏi nghĩa, có một chàng trẻ tuổi người vùng Đồng Nai. Chàng là người có tài cả văn lẫn võ, đã vung gươm hưởng ứng sự bất bình của thiên hạ. Chàng từng cầm quân mấy lần đánh cho tan tác thầy trò Nguyễn Ánh.Nhà Tây Sơn mất, Gia Long vừa thắng thế trên đất nước Việt thì cũng bắt đầu giết hại những người từng theo nhà Tây Sơn.Nhân dân trong xóm quý mến chàng, khuyên chàng trốn đi thật xa. Họ giúp tiền gạo và mọi thứ cần dùng, trong đó có cả một chiếc thuyền nhỏ để tiện đi lại.Không muốn rơi vào tay quân địch, chàng ra đi. Ngược dòng sông Cửu Long , chàng tiến sâu vào nước Chân Lạp.

Một hôm, gần bờ suối có cội cây trổ sanh một quả, trông hình dáng xù xì như quả mít tố nữ, ngặt vì vỏ cứng và có gai lổm chổm nhọn hoắt như từng mũi kim châm. Thật là một quả lạ chưa từng thấy bao giờ, mùi thơm lại thoảng đưa nồng nực. Người em cho rằng cơ hội tiến thân của mình đã đến rồi, liền hái quả lạ ủ vào trong lá, để ngày mai đem về kinh thành dâng lên cho vua thưởng thức.
Người anh hết sức khuyên ngăn em không nên liều lĩnh mà chuốc vạ vào thân. Nơi chốn triều đình chẳng thiếu chi trái ngon, vật lạ, vua đoái hoài chi đến một thứ quả hình dạng xấu xa. Người em vẫn không nghe, cứ quyết định ra đi.
Khi người em xuống đến kinh thành. Đem quả lạ dâng lên vua bảo là quả này có mùi thơm tựa hương trầm. Vua liền đòi người em vào, rồi truyền thị vệ lấy dao bổ quả quý ấy ra. Đến chừng nhà vua đưa lên mũi bỗng ngài nhăn mặt, bịt mũi kêu thúi om sòm. Các thị vệ bèn xúm lại bắt trói người em rồi đem ra chém đầu về tội khi quân.Sau lúc chiếc đầu người em rơi rụng, quan Tư đồ vụt có ý tò mò, tìm đến nơi đã quăng trái lạ mà xem, ông thấy trái này có từng múi màu vàng, cơm của nó lầy nhầy như mỡ đặc, ngửi thấy mùi khó chịu mà nếm vào miệng thì ngọt ngào đầy mùi vị thơm ngon.

Lập tức quan Tư đồ vào bệ kiến nhà vua trình qua tự sự. Nhà vua vẫn chưa tin, truyền đem cho mình nếm thử. Quả nhiên, nhà vua thưởng thức được hương vị đặc biệt lạ lùng của trái quý này trước giờ chưa từng thưởng thức.

Nghĩ lại, nhà vua lấy làm hối hận lỡ tay giết oan một mạng người đã vì trọng vọng mình đem hiến dâng của lạ. Tuy vậy việc đã lỡ rồi, không lẽ để cho triều thần nhìn thấy sự lầm lỡ tắc trách của mình, nên nhà vua chỉ âm thầm với nỗi sầu riêng.

Hôm sau, vua cho truyền triều thần tìm xem gốc tích của trái lạ và hiện nơi nào có nó để hái đem về. Quan quân đi lùng kiếm ở khắp nơi vẫn không biết nơi nào có thứ trái lạ. Chỉ có người anh là biết, nhưng từ lúc hay tin người em bị rụng đầu vì hiến dâng trái lạ, người anh không khỏi châu mày hối tiếc, tại sao không quyết liệt ngăn cản em mình lao đầu vào chỗ chết.Nghĩ thẹn và lòng những buồn riêng, người anh âm thầm sầu khổ như thấy em hiện về trách móc, cho đến lúc sự sầu riêng làm người anh nhuốm bệnh qua đời.
Về sau, một vị vua nhà Lý, đưa quân qua cánh rừng ấy, thấy trái lạ vừa chín vàng trên cây, mùi thơm bay phảng phất mới bảo quân sĩ hái xuống nếm thử, lại được nghe một người binh sĩ già kể chuyện nên mới đặt tên cho trái lạ là trái sầu riêng.Người ta còn nói những cây sầu riêng nào thuộc dòng loại hạt có hai giọt nước mắt của chàng mới là thứ sầu riêng có trái ngon và thơm hơn các thứ khác. Và câu chuyện Sự tích trái sầu riêng được ra đời từ đó.