Quân triều đình đông nhưng trang bị vũ khí thô sơ, triều đình không tỏ chức cho nhân dân kháng chiến. Vì vậy, cuộc chiến đấu do Nguyễn Tri Phương chỉ huy không bảo vệ được thành vì diễn ra đơn lẻ không có sự hỗ trợ của các nơi.

 Vua Tự Đức giao phó cho Hoàng Diệu làm Tổng đốc Hà Ninh, năm 1880. Ngay khi tới Hà Nội Hoàng Diệu đã chú tâm tới việc xây dựng thành lũy chuẩn bị lực lượng để chống Pháp. Từ năm 1880 đến 1882, ông đã hai ba lần dâng sớ xin triều đình chi viện để củng cố phòng tuyến chống giặc tại Hà Nội, nhưng không nhận được hồi âm từ Huế. Lúc này chủ trương của triều đình Tự Đức vẫn là dùng thương thuyết để ngăn ngừa chiến tranh một cách thụ động. Triều đình Huế còn bác bỏ đề nghị đem quân thượng du về bảo vệ Hà Nội và trung châu, của Hoàng Kế Viêm thống đốc quân vụ Tây Bắc.